„Czy wolno człowiekowi zadręczać drugiego człowieka na śmierć? Ojcze przebacz im, bo nie wiedzą co czynią” – tak pisał w swoim pamiętniku na krótko przed śmiercią ks. Stefan Niedzielak. Wiedział, że zapadł na niego wyrok. Podobno kilka dni przez śmiercią otrzymał przez telefon ostrzeżenie „… jak się nie uspokoisz, to zdechniesz jak Popiełuszko”. Jakiś czas wcześniej został wciągnięty do samochodu i dotkliwie pobity, następnie wyrzucony na chodnik przed plebanią z pędzącego samochodu, sprawcy „radzili mu” zaprzestanie działalności.

Pamiętam pierwsze spotkanie z księdzem Stefanem. Był ciepły, majowy wieczór 1979 roku, spacerował z brewiarzem wśród alejek cmentarza powązkowskiego - zapytał, czy mam ochotę na rozmowę. Później, przez całe lata spotykaliśmy się na probostwie. Zawsze w gronie wspaniałych ludzi, opozycjonistów: premier Jan Olszewski, śp. Wojciech Ziembiński, śp. Bożena Łojek, śp. ks. infułat Zdzisław Król, w latach 1979-1992 kanclerz Kurii M.W. - oboje zginęli 10 kwietnia 2010 roku w katastrofie Narodowej w drodze do Katynia – i wielu innych, wśród nich rodziny pomordowanych w Katyniu. Był nie tylko kapłanem niezłomnym, ale i niezwykłym, skromnym i wrażliwym na ludzi. Troszczył się o swoich parafian, był wyrozumiały i pomocny. Tutaj chrzcił dzieci, przygotowywał do Pierwszej Komunii św. , żegnał tych, którzy odeszli na zawsze. W czasie wojny działał w podziemiu niepodległościowym – w organizacji Wolność i Niepodległość, współpracował ze strukturami Delegatury Rządu na Kraj w Łódzkiem, uczestniczył w Powstaniu Warszawskim – dlatego po wojnie otoczał szczególną opieką rodziny katyńskie. Był duszą towarzystwa. Zapraszał do siebie na niekończące się rozmowy. Lubił dzieci, nigdy mu nie przeszkadzały. Moje dzieci uwielbiały Go. Którejś niedzieli w trakcie wygłaszanej homilii mój dwuletni syn Adam zasnął na stopniu ołtarza. Ks. Stefan nie pozwolił go zabrać, Mszę św. odprawił w towarzystwie śpiącego malucha.

Po zniesieniu stanu wojennego, na jednym ze spotkań w domu księdza Stefana, Wojciech Ziembiński zwrócił się do małego Adasia słowami: „Ty doczekasz wolnej Polski i będziesz jej żołnierzem”. Niestety, zawarty układ „okrągłego stołu” w 1989 roku na komunistycznych warunkach sprawił, że do dzisiaj nie możemy oderwać się od peerelowskiej spuścizny.

W latach 60., 70., w okresie stanu wojennego, aż do śmierci ks. Niedzielak wygłaszał płomienne kazania z okazji wielkich rocznic narodowych: 3 maja, 15 sierpnia, 11 listopada. W swoich niedzielnych kazaniach upominał się o prawdę o zbrodni katyńskiej, protestował przeciwko wieloletniemu kłamstwu. Wtedy, dla nas Polaków walczących o niepodległość, miejscem niezwykłym w Warszawie obok kościoła św. Stanisława Kostki z księdzem Jerzym Popiełuszką był kościół św. Karola Boromeusza z księdzem Stefanem Niedzielakiem. Rodzinom katyńskim służył pomocą duchową. To właśnie ta działalność prawdopodobnie stała się przyczyną zabójstwa ks. Niedzielaka.

Dzięki Niemu kościół św. Karola Boromeusza stał się Sanktuarium Poległych na Wschodzie. Wmurowany w ścianie kościoła pomnik – krzyż, blisko 1000 tabliczek ku czci ofiar zbrodni katyńskiej i pamiątkowe tablice poświęcone dowódcom Armii Krajowej na Kresach Wschodnich oraz umieszczona w głównym ołtarzu świątyni replika obrazu Matki Boskiej Kozielskiej, mówią same za siebie.

Gdy powstała „Solidarność”, z inicjatywy ks. Stefana na Cmentarzu Powązkowskim przy głównej bramie ustawiono Krzyż Katyński. Już następnej nocy krzyż został usunięty przez „nieznanych sprawców”.

Styczeń 1989 roku, to czas zbliżających się zmian, „rozmów przy okrągłym stole”, wydawało się, iż czas politycznych morderstw jest za nami.

Była sobota rano, i nagle ta straszna wiadomość, ks. Stefan Niedzielak nie żyje. Został zamordowany przez „nieznanych sprawców” w nocy 21 stycznia 1989 roku w swoim mieszkaniu na plebanii kościoła pod wezwaniem św. Karola Boromeusza.

Pogrzeb odbył się 26 stycznia 1989 roku. Uroczystościom przewodniczył kard. Józef Glemp. Kościół i alejki przykościelne wypełnili żołnierze AK, Win-u, harcerze, działacze „Solidarności”, parafianie i mieszkańcy Warszawy. Przyjaciel ks. Stefana Niedzielaka, ks. Zdzisław Szpakowski w mowie pożegnalnej powiedział: „Dzięki Tobie, Księże Stefanie tu w tej świątyni głosiliśmy prawdę. Przywracaliśmy cześć organizacjom Polski Niepodległej, ludziom, którzy do końca walczyli o prawo do niepodległości. Dzięki Twojej niestrudzonej odwadze i działalności pomagaliśmy wrócić na karty historii tym, których sponiewierano, opluto, zniszczono, wypędzono z kart historii Narodowej. Dzięki Tobie nie tylko głosiliśmy prawdę, tę prawdę wykuliśmy w kamieniu Sanktuarium Narodowym, jakie tu na ścianach świątyni, którą zarządzałeś powstało”.

W śledztwie prowadzonym przez władze komunistycznego MSW przedstawiono zbrodnię jako „wypadek ze skutkiem śmiertelnym bez udziału osób trzecich”. Ostatecznie sprawców nie wykryto, a śledztwo umorzono 2 października 1990 roku.

W archiwum IPN znajdują się akta śledztwa dotyczące zbrodni na ks. Stefanie Niedzielaku. Obecnie prowadzone jest śledztwo przez pion śledczy IPN-KSZpNP w Warszawie.

Księże Stefanie, pamięć o Tobie w moje rodzinie jest i będzie zawsze pielęgnowana. W rocznicę Twojej śmierci, tę zbrodnię przypominam, by nie zapomnieć.